新会社法！なんでも相談室

回答：
まず、消費税のしくみですが、

消費税を負担しているのは、商品やサービスを買った消費者で、
売上の際に仮受している消費税を、事業者が申告・納付するのです。

ただし、法人でも仕入れをする時などに消費税を払っているわけで、
２重課税のないように、

課税売上にかかる消費税−課税仕入れにかかる消費税＝消費税額

とされています（厳密にいうと「国税の消費税が４％、地方税の消費税がその国税の４％の２５％ということで１％」と計算されます）。


まず、納税義務の判定基準として

課税期間の基準期間における課税売上高が１０００万円以下であったので、
当期は免税事業者


【課税期間】・・・納付すべき消費税の計算の基礎になる期間（法人では１事業年度）
【基準期間】・・・課税期間において消費税の納付義務を判断する基準となる期間（法人では前々事業年度）

要約すると

前々事業年度１年間における課税売上高が１０００万円以下だったので当期は免税業者

となるわけです。

ここで、ご質問の「設立から２期免税」の話ですが

まず、会社を新規設立した場合、この基準期間がありません（前々事業年度が存在しない）。

ですが、資本金が１０００万円以上の場合は設立した時点で「（消費税の）課税事業者」となってしまいます。

ただ、資本金が１０００万円未満の場合は、設立時は免税事業者となります。
そして、この第１期が最初の基準期間となりますので、１期目に課税売上が１０００万円を超えるようであれば、翌々事業年度が課税事業者となるわけです。（これが２期免税と言われる所以です）

つまり、ご質問の「有限会社だと２期消費税免税」というのは、
Ｈ１８．４月末まで　株式会社の最低資本金が１０００万円だったためにいわれていた事です（有限会社の最低資本金は３００万円でした）。

新会社法が施行されてから「最低資本金規制」が撤廃されたため、新設の株式会社でももちろん資本金が１０００万円未満であれば設立時消費税免税事業者となります。

※免税事業者である事業年度中に、基準期間における課税売上高が１０００万円を超えた事業者は、「消費税課税事業者届出書」を速やかに税務署に届け出る必要があります。

また、逆に、課税事業者である事業年度中に、基準期間における課税売上高が１０００万円以下になった事業者は、「消費税の納税義務者でなくなった旨の届出書」を速やかに税務署に届け出る必要があります。

ただし、課税売上高１０００万円以下の事業者であっても、「消費税課税事業者選択届出書」を提出することにより、課税事業者となることができます。